“L'Association d'Hygiène Sociale de Franche Comté est missionnée depuis l'année 2000 pour la prise en charge des demandeurs d'asile et réfugiés.
Une Plate-forme d'Accueil Demandeurs d'Asile (PADA) : mise en place en octobre 2001 pour assurer le premier accueil des demandeurs d'asile. Depuis le 1er janvier 2010, le premier accueil est géré conjointement par l'AHS-FC et l'OFII et cofinancé par le Fonds Asile Migration et Intégration.
Un service de domiciliation postale : depuis le 19 octobre 2005, l'Association bénéficie d'un agrément pour la délivrance des domiciliations postales permettant aux demandeurs d'asile non hébergés sur le dispositif spécifique d'engager la procédure. Le service délivre une attestation de domiciliation et offre un service garantissant le suivi du courrier.
Un Centre d'Hébergement d'Urgence des Demandeurs d'Asile (HUDA) : ouvert en janvier 2001, bénéficiant d'un agrément d'accueil pour 109 places. Ce dispositif assure l'accueil, l'hébergement et l'accompagnement social et administratif des demandeurs d'asile primo-arrivant.
Deux Centre d'Accueil pour Demandeurs d'Asile (CADA) : qui assurent l'accueil, l'hébergement et l'accompagnement social et administratif des demandeurs d'asile en cours de procédure. Le CADA 25 dans le Doubs ouvert en décembre 2003, bénéficie d'un agrément d'accueil pour 52 places. Le CADA 70 en Haute-Saône ouvert en janvier 2015 bénéficie d'un agrément d'accueil pour 50 places.
Un Centre Provisoire d'Hébergement (CPH) : ancienne activité du CCAS de la ville de Besançon, l'AHS-FC s'est vu confier la gestion du CPH en janvier 2005. Agréé pour une capacité d'accueil de 36 places, le CPH a pour mission, l'accueil et l'hébergement des réfugiés statutaires ou bénéficiaires de la protection subsidiaire. Les missions relèvent de l'accompagnement à l'insertion (logement, emploi, formation, ouverture des droits…).
Un Dispositif d’Hébergement d’Urgence Migrants (HUM) : ouvert en décembre 2013 pour 25 places, ce dispositif assure principalement l’accueille, hébergement et accompagnement social des migrants ne relevant plus d’un dispositif Asile.
Un Dispositif Mineurs Isolés Etrangers (DMIE) : ouvert en janvier 2014 suite à un conventionnement avec le Conseil Général du Doubs. Ce dispositif assure l'accueil, l'hébergement et l'accompagnement social et administratif des Mineurs Isolés Etrangers dans le cadre de leur prise en charge par les services de l’Aide Sociale à l’Enfance.”